Luego de terminar contrato con Cruz Azul y no renovarlo, Pablo Aguilar decidió volver al futbol de Paraguay, del cual estuvo ausente por 11 años y lo hará con la escuadra de Libertad, uno de los equipos de mayor jerarquía de aquel país.
A través de las redes sociales del equipo se dio a conocer el arribo de Pablo, elemento que con 35 años vestirá una playera diferente a la del Sportivo Luqueño en el balompié paraguayo, en el que debutó en el año 2004 y fue campeón en el 2007.
En 2012, Aguilar vino por segunda vez al futbol mexicano para jugar con Xolos y a partir de ahí hizo ya toda su carrera en la Liga MX, y es que primero en 2009 fue parte de la plantilla de San Luis.
En su segunda etapa con Xolos se coronó en el futbol mexicano y se ganó las miradas del Club América, donde consiguió toda clase de campeonatos y luego pasó a las filas de Cruz Azul, donde también fue campeón de la Liga MX y Campeón de Campeones.
Aguilar jugó más de 350 partidos en México considerando solamente Liga y Liguillas y metió 34 goles, siempre caracterizado por un imponente juego aéreo y personalidad con gran liderazgo.